Οι ανοιχτοί λογαριασμοί με τους διωκτικούς μηχανισμούς ξεκίνησαν σχεδόν με την ενηλικίωση του Νίκου Μαζιώτη:
- Από τους πρώτους ολικούς αρνητές στράτευσης, στις αρχές της δεκαετίας του 1990, είχε συλληφθεί και καταδικαστεί κατ’ επανάληψη. Κατά τη διάρκεια των συνεχόμενων φυλακίσεων του είχε πραγματοποιήσει πολυήμερη απεργία πείνας, ξεσηκώνοντας ένα κύμα συμπαράστασης από τον αναρχικό κυρίως χώρο.
- Τον Νοέμβριο του 1995 συλλαμβάνεται με εκατοντάδες άλλους διαδηλωτές στο Πολυτεχνείο και καταδικάζεται ξανά.
- Το 1998 συλλαμβάνεται και καταδικάζεται για τη βόμβα που είχε τοποθετηθεί στο υπουργείο Βιομηχανίας και δεν εξερράγη, καθώς και στο πολιτικό γραφείο της τότε υπουργού ανάπτυξης, Βάσως Παπανδρέου. Ενέργειες, για τις οποίες αναλαμβάνει τις πολιτικές ευθύνες «σε ένδειξη αλληλεγγύης στον αγώνα των κατοίκων του Στρυμονικού κόλπου, ενάντια στην οικολογική καταστροφή που συντελείται από τις επενδύσεις της πολυεθνικής εταιρείας TVX GOLD», δηλώνοντας ότι «οι Αναρχικοί Αντάρτες Πόλης είμαι εγώ. Δεν θεωρώ τον εαυτό μου ένοπλο αντάρτη, αλλά κοινωνικό αντάρτη». Διακηρύσσει επίσης ότι δεν είχε καμία πρόθεση να θέσει σε κίνδυνο ανθρώπινες ζωές. Αποφυλακίζεται έπειτα από 3,5 χρόνια, ενώ αναγνωρίζονται τα μη ταπεινά κίνητρα στην πράξη του. Ο ίδιος καταγγέλλει ότι παρακολουθείται συνεχώς.
- Το 2010 συλλαμβάνεται με τη σύντροφό του, Παναγιώτα Ρούπα, κατηγορούμενος ως μέλος του «Επαναστατικού Αγώνα», και αναλαμβάνει την πολιτική ευθύνη των ενεργειών της οργάνωσης. Αφήνονται και οι δύο ελεύθεροι με περιοριστικούς όρους, λόγω παρέλευσης του 18μηνου, και τον Ιούνιο του 2012 οι αρχές χάνουν τα ίχνη τους. Καταδικάζονται ερήμην σε κάθειρξη 50 ετών.
- Εκτοτε, καταζητούμενοι και επικηρυγμένοι, παρεμβαίνουν με επιστολές τους δύο φορές. Για τη δολοφονία του αντιφασίστα Παύλου Φύσσα από χρυσαυγίτες και για να αποκρούσει την εμπλοκή του ονόματός του από τις διωκτικές αρχές στις ληστείες στα Μέθανα και στο Βελεστίνο.