Παρελθόν θα αποτελέσουν σύντομα για το Σώμα Δίωξης Οικονομικού Εγκλήματος οι μικρές υποθέσεις φοροδιαφυγής. Στο εξής θα ασχολείται με τα «μεγάλα ψάρια», όπως ορίζει απόφαση του υπουργού Οικονομικών Γ. Στουρνάρα και του υφυπουργού Γ. Μαυραγάνη, με την οποία μεταφέρονται οι αρμοδιότητες του προληπτικού ελέγχου εφαρμογής της φορολογικής νομοθεσίας και των προσωρινών ελέγχων στη Γενική Γραμματεία Δημοσίων Εσόδων. Η απόφαση προβλέπει ότι οι αρμοδιότητες προληπτικού ελέγχου εφαρμογής της φορολογικής νομοθεσίας και προσωρινού φορολογικού ελέγχου, ιδίως στους παρακρατούμενους και επιρριπτόμενους φόρους, με έμφαση στον ΦΠΑ, μεταβιβάζονται στις 31 Οκτωβρίου 2013 στη ΓΓΔΕ του υπουργείου Οικονομικών. Οι υπηρεσίες της ΓΓΔΕ μπορούν να προβαίνουν σε ελέγχους των μεταφορικών μέσων, καταστημάτων, αποθηκών και άλλων χώρων, όπου βρίσκονται αγαθά, ανεξάρτητα από τον φορέα εκμετάλλευσής τους και του τελωνειακού καθεστώτος υπό το οποίο τελούν, όπως επίσης σε κατασχέσεις βιβλίων, εγγράφων, αγαθών, μέσων μεταφοράς και άλλων στοιχείων, συμπεριλαμβανομένων και ηλεκτρονικών μέσων αποθήκευσης και μεταφοράς δεδομένων. Για όσες υποθέσεις έχει εκδοθεί εντολή ελέγχου έως τις 30 Οκτωβρίου, ο έλεγχος θα ολοκληρωθεί από το ΣΔΟΕ. Παράλληλα με τις αρμοδιότητες μεταφέρονται στη ΓΓΔΕ και 192 υπάλληλοι του ΣΔΟΕ, 82 Ι.Χ. καθώς και δύο σκάφη που χρησιμοποιούνται για την πάταξη του λαθρεμπορίου. Οι εργαζόμενοι στο ΣΔΟΕ θεωρούν ότι η αφαίρεση αρμοδιοτήτων από το Σώμα θα οδηγήσει σε καθυστερήσεις στην πάταξη της φοροδιαφυγής σε μια περίοδο που τα πράγματα «αρχίζουν να στρώνουν».